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Intorno al XII secolo nel suo territorio vi erano tre località: Mapunianum (Malpignano) con la chiesa di S. Maria, Casaleglo con la chiesa di S.Michele e Pernate con la chiesa di S. Andrea.

I primi due centri ebbero vita breve e scomparvero, solo Pernate sopravvisse e si sviluppò diventando sede di un Comune come da citazioni presenti negli statuti del Comune di Novara del 1277.

Nel Duecento nacque e in parte vi visse Loarengo Cavallazzi, appartenente ad una importante famiglia novarese che fu anche un personaggio importante per il Comune e la storia di Novara.

Nel Trecento sotto la signoria dei Visconti, troviamo una comunità Pernatese con due chiese in Paese (S. Andrea e SS. Trinità) e due in campagna (S. Michele e S. Maria) ed un convento di suore Umiliate; il Comune è descritto già con i suoi possedimenti; in questo periodo anche Pernate fu colpito dalla peste.

Nella seconda metà del Quattrocento venne dipinta, nella chiesa di Malpignano, l’effigie di una Madonna, detta poi Madonna del Bosco e nei primi anni del secolo successivo venne dipinta la Madonna, conservata nella chiesa della Trinità.

Queste semplici icone ricche di religiosità, lasciano supporre che sebbene in una forma molto artigianale il Rinascimento era arrivato anche nel nostro Paese.

Durante questo secolo si potenzia la produttività nelle nostre campagne con la costruzione delle cascine e sempre in questo periodo fu anche scavato il letto del torrente Mora per volere di Ludovico il Moro da cui prese il nome.

Nel Cinquecento il Paese divenne feudo dei Viscardi e poi dei Piotti e degli eredi di questi ultimi.

Nei primi anni di questo secolo il territorio Pernatese si trovò coinvolto in una guerra per la contesa del ducato di Milano al dominio del quale si alternavano Sforzeschi, Francesi e Spagnoli e a Novara prima e poi nel 1513 nel territorio pernatese e in quello della Riotta fu combattuta una battaglia per il possesso del ducato milanese.

Al termine di questo conflitto il ducato milanese perse la sua indipendenza e dagli Sforza passò sotto l’impero di Carlo V.

Nel 1537 ebbe larga fama e commozione del popolo la guarigione di un sordomuto, ottenuta davanti al dipinto della Madonna,detta poi del Bosco, ora venerata in Chiesa Parrocchiale.

Il Comune, anche sotto il dominio Spagnolo, continuò la sua vita con un proprio podestà-pretore, che indiceva la “talia” e amministrava la giustizia per i piccoli reati; esso veniva nominato dal feudatario di Pernate.

I Consoli erano quattro e scelti tra il popolo ed esercitavano il loro ufficio solo per un trimestre all’anno; per alcune scelte importanti veniva consultata un’assemblea, formata dai capifamiglia del Paese.

In seguito ai decreti del concilio di Trento venne eretta canonicamente la Parrocchia con sede nella Chiesa di S. Andrea alla quale furono affidate anche le cascine del Comune della Riotta, e successivamente la Cascina Casa Vecchia e le due cascine di Greffe mentre la cascina di Prelle si trovava già sotto il Comune di Pernate.